Die Fenster im Nord- und Südchor werden dem Anfang des 15. Jahrhunderts zugeordnet, die in der Nordwand der Zeit um 1500. Das berühmteste von ihnen ist das  „Westfälische Abendmahl“. Die beiden großen Fenster der Nordwand, das Patroklus- und das Wurzel-Jesse-Fenster, zeigen in kriegsbedingten Ergänzungen aus den 60er Jahren bereits eine Handschrift, die dann eine ganze Generation später erneut und in überraschend großem Umfang zum Zuge kommen sollte: die des Glasmalers Prof. Hans Gottfried von Stockhausen (Jahrgang 1920). Von 2001 bis 2003 schuf er nicht weniger als 17 völlige Neuverglasungen in den Fenstern der Südwand, der Tauf- und der Gedächtniskapelle, den Emporen darüber und dem Westwerkfenster dazwischen. Ein großzügiger Soester Bürger als Mäzen hat die erneute Beauftragung des Künstlers aus Württemberg möglich gemacht. Vielleicht zum ersten Mal überhaupt in ihrer bald 700jährigen Geschichte sind die zahlreichen Fenster der Wiesenkirche mit ihrer farbenprächtigen Glasmalerei komplett vollendet. Alle diese Bilder wollen der Verkündigung des Evangeliums dienen.

Das mittlere Hauptchorfenster, das Christusfenster über dem Hauptaltar, zieht die Blicke in besonderer Weise auf sich. Unten in der Mitte steht Christus zwischen zwei Engeln. Sein aufgeschlagenes Buch verkündet: „Ich bin der Anfang und das Ende“. Das Bild darüber zeigt das Christuskind auf dem Arm seiner Mutter Maria. Über den Architekturscheiben sehen wir den gekreuzigten Erlöser mit Maria und Johannes und ganz oben im Maßwerk den auf dem Regenbogen thronenden Christus als Weltenrichter.
Diesem ältesten und zentralen Ostfenster sehen wir gegenüber im Westen eines der neuesten: das Heilig-Geist-Fenster. Lebendig und farbenfroh ineinander übergehende Kreise, Ringe und Bögen stellen den Heiligen Geist als schöpferische Kraft der ganzen Heilsgeschichte dar. Es beginnt unten mit der  Schöpfung („Der Geist Gottes schwebte auf dem Wasser“), setzt sich über der Vierpassbrücke fort mit dem Regenbogen nach der Sintflut, darüber mit der Menschwerdung des Gottessohnes, dessen Geburt der Erzengel Gabriel der Jungfrau Maria ankündigt, und dem Kreuz im roten Kreis als Zeichen der Erlösung. Das rätselhafte Bild im blauen Kreis mit den wegflatternden Leichentüchern ist ein Auferstehungssymbol (von Stockhausen). Ganz oben im Maßwerk ein rotes Band, das sich durch Herbstlaub zieht: Vergehen und Wiederkehr, immer währende Geistesgegenwart.
Alle anderen Fenster ordnen sich diesen beiden zu: in der Verkündigung der Heilsgeschichte.
St. Maria zur Wiese – ein aus Stein und Glas erbautes Transparent des Himmels.